I suoli dell'isola, sviluppati con l'apporto di sedimenti marini e continentali, sono sottili e principalmente classificabili come Leptosol secondo la World Reference Base for Soil Resources (ISSS-ISRIC-FAO, 1998). I suoli sono comunque alcalini, ricchi di carbonati, sabbiosi o argillosi e con un moderato contenuto di frammenti di roccia. Un'analisi completa dei suoli di Pianosa è stata fornita da D'Acqui et al. (2007) ed è riportato nella Tabella 1 distinta per tipologia di ecosistemi.
La vegetazione originaria dell'isola di Pianosa era presumibilmente rappresentata da una macchia mediterranea, dominata da un misto di sclerofille e caducifoglie, arbusti e praterie. Questa vegetazione è stata fortemente influenzata dalle attività agricole della Colonia Penale e oggi sopravvive principalmente lungo il perimetro costiero. Infatti, solo nel perimetro costiero è possibile identificare l'associazione Crithmo-Limonietea caratterizzata dalla presenza di specie endemiche come Limonium planesiae (Baldini, 2000).
La macchia mediterranea presente sull'isola è tipica del suolo calcareo dominato dalla presenza di Rosmarinus officinalis, Cistus spp. e Juniperus phenicia (Baldini, 2000). Lembi di questa comunità vegetale esistono in diverse fasi evolutive come conseguenza del processo di progressiva rinaturalizzazione che l'isola sta attualmente attraversando. Inoltre sono ben rappresentati piccoli boschi piantumati, caratterizzati dalla presenza di Pinus halepensis, Quercus ilex e Arbutus unedo, inoltre sono stati riscontrati pochi eucalipti impiantati lungo i bordi dei percorsi stradali.
La frazione più elevata della superficie dell'isola è rappresentata da pascoli abbandonati e campi agricoli abbandonati ora coperti da un'associazione di specie tipica del suolo agricolo mediterraneo degradato dominato da: Bromus fasciculatus, Daucus carota, Lagurus ovatus, Asphodelus ramosus, Avena barbata, Dactylis glomerata, Plantago lanceolata, Rostraria cristata, Asparagus acutifolius, Petrorhagia saxifraga e Scabiosa maritima. Un'analisi floristica completa dell'isola di Pianosa è riportata da Baldini (2000) che identifica più di 500 specie vegetali.
Nell'isola di Pianosa sono stati individuati tre principali tipi di ecosistemi: Pascoli abbandonati/campi agricoli abbandonati; Macchia (cioè macchia mediterranea) e boschi. A livello dell'intera isola, come riportato in Tabella 02, la biomassa totale dell'ecosistema macchia è risultata maggiore rispetto agli altri due ecosistemi ex pascolo/ex campo agricolo e bosco. La biomassa totale dell'ecosistema della macchia era il 45% della biomassa totale dell'intera isola di Pianosa anche se l'area della macchia rappresenta solo il 25% dell'isola di Pianosa. L'agricoltura e il pascolo abbandonati è il principale ecosistema in termini di estensione infatti è responsabile del 52% della superficie totale dell'isola ed è il meno rappresentativo in termini di biomassa totale con il 26% della biomassa totale dell'isola (Tabella 02).
